帝国速运根据题中信息，题中业务的主要流程为：

1、“公司”委托“快递公司”代为收取货款。一般应当签订代收货款协议。
2、“快递公司”依据“公司”的委托，向“公司”客户收取其应对“公司”支付的货款。
3、“快递公司”将上述代收的货款，归还“公司”。
4、“公司”向“快递公司”支付约定报酬。

据此，“快递公司”应当向“公司”开具发票，发票金额等于其向公司收取的报酬，归还的代收货款不能开具发票。此外，对于代收的货款，应当由“公司”直接向客户开具相关发票，不应开具给“快递公司”并由其在开具给客户。

至于“公司”收到“快递公司”归还的代收货款，凭相关银行进账单入账即可，如果操作规范的话，则“公司”在收到该归还的货款时，需向“快递公司”开具收据，以表明该代收货款已经交接完毕。该收据，也作为“公司”收讫代收货款的入账凭证。